
Para sus propósitos utilizaban una amplia gama de armas y artefactos como espadas, shuriken o cadenas, además de ser expertos en la preparación de venenos, pócimas y bombas. Del mismo modo, eran entrenados en el uso del «arte del disfraz», que utilizaban a menudo para pasar desapercibidos dependiendo de la situación imperante en el lugar en el que se tuvieran que introducir,a diferencia de la típica vestimenta con la que hoy día se les identifica.
Pocas organizaciones militares han sido tan difundidas y al mismo tiempo tan incomprendidas como los ninjas de Japón y gran parte de la historia de este grupo se basa en mitos o exageraciones, lo que ha dificultado su estudio y comprensión. De esta forma, a lo largo de la historia, muchas muertes ocurridas en algún momento oportuno fueron atribuidas a este grupo militar, pero debido al hermetismo de sus misiones es imposible saber exactamente el número de muertes que causaron.